To vzbudilo nejen všeobecnou kritiku současné politiky Vatikánu, která v Rakousku nakonec vedla k "dobrovolnému" odstoupení Wagnera z této funkce, ale k nebývalému oživení laické organizace "Wir sind Kirche - My jsme církev". Navazuje tak na svou aktivitu, která v roce 1995 vyvrcholila po skandálu vídeňského kardinála Hanse-Hermanna Groera, poté co se odhalilo jeho zneužívání mladíků. Tehdy vystoupila s pěti požadavky: více spoluúčasti na církevním dění, rovnoprávnost pro ženy v přístupu k církevním funkcím, zrušení celibátu, lidský přístup k otázkám sexuality, respekt k homosexuálům a nahrazení poselství výhrůžek přátelstvím. Nyní tyto požadavky, které byly podpořeny podpisy 500 000 věřících, chce generální sekretář "My jsme církev" Hans Peter Hurka znovu předložit vídeňskému kardinálovi Christophu Schönbornovi. Podle jeho názoru by neměl nejvyšší rakouský církevní představitel pouze uklidňovat své ovečky, ale obnovit přerušené kontakty s tímto sdružením před více než deseti lety. Tehdy tak učinili nejvyšší rakouští církevní představitelé pod tlakem Vatikánu. Nyní však nastala pro většinu věřících již neudržitelná situace.

Jak zdůraznil teolog Paul Zulehner, "nad rakouskou církví již dlouho hoří střecha". Papež tento požár podle jeho názoru hasí tam, kde nehoří a navíc používá místo vody benzín. Následky tohoto postupu se proto již dostavují. Různé skupiny laických věřících začaly plánovat akce proti připravovanému vysvěcení Wagnera za biskupa v lineckém dómu a chtějí zastavit odevzdávání peněžních příspěvků na církev. Prakticky všechny diecéze v Rakousku byly zachváceny masovými vystupováním z řad církve a počet nevěřících se již blíží k 15 procentům. V samotné linecké diecézi k rebelantům přeběhla většina děkanů. V této situaci se kardinál Schönborn rozhodl převzít iniciativu a osobně v Římě vyzval papeže, aby změnil své rozhodnutí, což se nakonec odrazilo v rozhodnutí Wagnera, že v "zájmu církve" nereflektuje na udělený úřad. Většina věřících souhlasila s jeho rezignací, protože pokud by tak neučinil, došlo by k nedozírným škodám pro církev. To si uvědomila i biskupská konference, což se odrazilo v jejím pastýřském listě, který připustil "chyby v církvi". Vatikánu se v tomto listě, který má podle odborníků historickou dimenzi, připomíná, jaké problémy vznikly kolem jmenování biskupů Hanse Hermanna Groera a Kurta Krennera v osmdesátých letech. V budoucnosti je proto nutné zajistit, aby "biskupové byli jmenováni nikoliv proti, ale v zájmu místní církve". Vzhledem k tomu, že v budoucnosti mají být jmenováni biskupové ve čtyřech rakouských diecézích, považuje se za velmi silný signál z Vídně vůči Vatikánu. Všechno totiž začalo již před rokem, když linecký diecézní biskup Ludwig Schwarz navrhl Vatikánu ustavení světícího biskupa a předložil mu návrh tří osobností. Farář Wagner mezi nimi však nebyl, a přesto jej Benedikt XVI. jmenoval.

Nebylo to náhodou, protože církevní situace v Horních Rakousích vatikánské konzervativce již delší dobu znervózňovala. Již předchozí biskup Maximilian Aichern umožnil laikům účastnit se jako pastorální asistenti. Tamní konzervativní duchovní, ke kterým patřil i Wagner, vyjádřili Vatikánu své obavy z nástupu laiků. Poté se na letní akademii "Lineckého kruhu duchovních" dostavil tehdejší kardinál Josef Ratzinger a jeho starší bratr Georg z blízkého Bavorska. Právě on nakonec hrál rozhodující úlohu při jmenování Wagnera za světícího biskupa. Ten prohlašoval, že přírodní katastrofy jsou božím trestem a homosexualita je léčitelná nemoc. Vedle bratra papeže měl mít vliv na jeho jmenování ještě jeho tajemník Georg Gänswein a bývalý lidovecký předseda horní komory parlamentu Herbert Schambeck. Ten sice tuto svou iniciativu popíral s tvrzením, že údajně Wagnera vůbec neznal, ale podle vídeňského "Profilu" je oprávněně podezírán, že radil papeži vůči rakouskému církevnímu vedení použít tvrdou ruku a stál předtím za jmenování Groera a Krennera.

Nyní se však vedoucí rakouští církevní představitelé nechovají pasivně. Kardinál Schönborn již 8. února, tedy týden po jmenování Wagnera, měl večeři s papežem. Původně se mělo hovořit o otázkách židovstva, ale vídeňský kardinál informoval papeže o vlně odporu proti jmenování Wagnera světícím biskupem. Tři dny poté, 11. února navštívil Řím štýrskohradecký biskup Egon Kapellari. Měl audienci u papeže, se kterým projednal přednostně vzniklou kauzu s Wagnerem. V této době se nacházel v Římě u krejčího, aby mu ušil biskupský úbor a při této příležitosti se sešel i on s vídeňským kardinálem. Poté pak došlo k rozhodujícímu rozhovoru Wagnera s lineckým diecézním biskupem Ludwigem Schwarzem, který vedl k jeho odstoupení. Jásot církevních reformátorů nad tímto vývojem byl však doprovázen protiútokem pravicových konzervativců. Solnohradský biskup Andreras Laun prostřednictvím internetu dal za pravdu Wagnerovi, že homosexualita je léčitelná a že Harry Potter otevírá dveře nečistým silám. Útoky na Wagnera srovnává s obdobím nacismu. Pravicová část katolíků přitom považuje ústup Wagnera za porušení církevního práva. Podle příslušného kánonu tvrdí, že nemůže Wagner odstoupit a papež jeho rozhodnutí nemůže ani akceptovat.

V současné době však většina politiků, včetně lidovců. stojí na straně církevních reformistů. Bývalí vedoucí představitelé lidové strany Erhard Busek, Andreas Khol a Herbert Kohlmaier a jimi vyvolaná "Iniciativa laiků" se těší velkému zájmu církevních kruhů. Tito tři politici již shromáždili na 8000 podpisů pod požadavky, aby ženatí kněži mohli poskytovat duchovní službu a ženy mohly dosáhnout na úřad diákona, tedy nižšího svěcení. Podle jejich názoru odstoupení Wagnera řeší pouze dílčí otázku. Hlavním problémem je zajištění duchovní služby v Rakousku a ta není stále vyřešena. Andreas Khol, bývalý předseda poslanecké sněmovny parlamentu, vyjádřil naději, že se církev poučí z dějin. Ve světle posledního vývoje se ukazuje, že se odpor proti Vatikánu vyplatil. Organizace "My jsme církev" je pro dialog s biskupy o nutných reformách. Kdyby byly tyto rozhovory odmítnuty, hrozí vyvolání celonárodního bojkotu vyplácení příspěvků církvi. Linecký odborník na církevní právo profesor Bruno Prometshofer vidí problém především ve Vatikánu. Vyjádřil obavu, že papež , který by měl hovořit o svých krocích s faráři nebo s občany, stejně tak neučiní.