Vše vydala neporušeně do rukou Wehrmachtu, který ji za půl roku použil pro útočnou válku.

V den okupace zbytku Česko - Slovenska německou armádou se sešli vedoucí českoslovenští sionisté, aby projednali změněnou situaci. Jeden z nich si posteskl, že vedení a školitelé se zatím neodstěhovali do Palestiny, protože sionistické hnutí na ně naléhalo, že je jich zde potřeba. Nyní jsou v nacistické pasti a je třeba jim pomoci. Jeden z vedoucích činitelů Edelstein, pozdější starší Židů v Terezíně, tomu názoru oponoval, že "sionisté po léta prohlašovali, že jsou opravdovými a odpovědnými vůdci židovského národa, a přece se nikdy uspokojivě nepřiblížili masám. Teď nastal historický okamžik, kdy se Židé cítí ztraceni a hledají někoho, kdo by je vedl. Není možné je opustit. Třeba bude muset být organizován masový exodus, a ukáže-li se i to nemožné, budou se muset sionističtí vůdci vypořádat s tím, jak ochránit velké množství lidí, dokud nebezpečí nepomine. Ať se stane cokoli, jejich místo je v čele Židovstva".

Willy Haas, pražský rodák, nejbližší přítel Franze Werfela, Kafky, Broda a dalších židovských německy píšících autorů, vzpomíná, jak se k němu v této krajní situaci chovali čeští spoluobčané. V den, kdy německá vojska obsazovala Prahu, jeho nadřízený jej vzal pod paží a vysvětlil své chování slovy: "V takový den, jako ten dnešní, by každý správný Čech měl jít ruku v ruce s nějakým Židem." Sekční šéf agentury Orbis nechal Haasovi vyplatit devět měsíčních platů najednou, mzdu až do konce roku 1939. Pomáhají mu i lidé z Baťova koncernu a nabízejí mu zastupovat firmu v Kalkatě. Jde o velkorysou nabídku, která jej k ničemu nezavazuje. Na straně druhé někteří čeští úředníci vyžadují od ohrožených Židů úplatky za to, že při žádosti o emigraci vydají urychleně potřebné doklady. Nastala doba, kdy občané byli vystaveni opravdové zkoušce charakteru.

V době zřízení Protektorátu Čechy a Morava mělo podle oficiální statistiky na jeho území žít 118 310 Židů, z nichž se 103 960 hlásilo k židovskému vyznání. Zbytek byl jiného náboženství nebo bez vyznání. Na protektorátním území mohli nacisté použít metody pronásledování a separace židovského obyvatelstva, vyzkoušené již dříve v Německu, případně v připojeném Rakousku. Svůj vliv na protižidovskou politiku chtěla prokázat i protektorátní vláda, která měla především zájem na převedení židovského majetku do českých rukou. Tím se kromě jiného chtěla bránit obávané germanizaci. Omezení práv a svobod židovských obyvatel tak na sebe po vzniku Protektorátu nenechalo dlouho čekat. Antisemitismus druhé republiky po okupaci okamžitě přerostl v praktickou protižidovskou politiku. V počátcích okupace se snažily radikálně pravicové organizace - např. fašistická Vlajka - těžit z nastalé situace a domnívaly se, že bude dán volný průchod protižidovskému násilí. Množily se útoky na židovské objekty (synagogy) i proti jednotlivým Židům. Na jaře 1939 např. fašisté zapálili synagogu v Jihlavě, poškodili synagogu v Dobříši a provedli protižidovský pogrom v Příbrami. Silné protižidovské výtržnosti byly hlášeny v srpnu 1939 v Brně, kde byla řada Židů surově napadena a zbita. Na druhou stranu je třeba konstatovat, že české bezpečnostní složky většinou proti antisemitským výtržníkům zasahovaly a že akce českých fašistů nezískaly masovou podporu.

Proud protižidovských opatření se v Čechách a na Moravě valil nepřetržitě od prvních dnů německé okupace. V protižidovské aktivitě si tehdy nezadala ani protektorátní vláda. Na své první schůzi - už 17. března 1939 - zakázala výkon lékařské praxe lékařům "neárijského" původu ve všech veřejných a zdravotních orgánech a zařízeních sociálního pojištění, vzala na vědomí opatření advokátní komory v Praze o zastavení praxe "neárijských" advokátů a uložila ministrovi spravedlnosti předložit návrh na generální úpravu v této věci. Zmocnila ministra obchodu, aby projednal s průmyslovými organizacemi a podniky odstranění "neárijců" ze všech vedoucích míst, a souhlasila, aby obchodnický spolek Merkur vydal nálepky k vnějšímu označení árijských obchodů. V příští schůzi přijala nařízení umožňující dosazovat důvěrníky a vnucené správce do židovských podniků Židé měli být odstraněni ze všech vedoucích míst v průmyslových podnicích a dalších organizacích.

Bylo schváleno vydání zvláštních nálepek k označení "árijských" obchodů. Další opatření protektorátní vlády směřovala k zamezení volného nakládání s židovským majetkem a k jeho přebírání do české správy. To ale nebylo říšským protektorem Konstantinem von Neurathem schváleno, neboť okupační úřady a německé průmyslové kruhy nebyly ochotné připustit árizaci židovského majetku do českých rukou.

Namísto toho vydal 21. června 1939 říšský protektor vlastní nařízení o židovském majetku, v němž byla na území Protektorátu pro definici židovství poprvé uplatněna rasová kritéria norimberských zákonů. Říšský protektor tím převzal iniciativu v protižidovské legislativě do svých rukou. Nařízení zakazovalo Židům a židovským podnikům svobodně nakládat s vlastním majetkem, přičemž říšský protektor dosazoval do židovských podniků nucené správce. Velmi široká definice židovského majetku a židovského podniku umožňovala okupačním úřadům prostřednictvím árizace germanizovat velkou část českých podniků. Hlavním motivem vystěhování Židů z Protektorátu bylo ze strany nacistů získávání značných finančních prostředků emigrujících za pomoci tzv. čerpání fondů židovských obcí.

Původně měli mít v ústředně rozhodující kompetence představitelé protektorátních úřadů, ale od října 1939 všechny přebrali příslušníci SS. Protektorátu bylo odňato právo vystavovat i pasy, které mohly nyní vydávat pouze německé úřady. Židovská náboženská obec v Praze byla přitom pověřena sestavením kompletní evidence Židů a bylo při ní zřízeno vystěhovalecké oddělení. Kdo z Židů usiloval o vystěhování, musel se zde ucházet o vystavení příslušných dokladů. Ústředna pracovala na základě již nabytých zkušeností z Vídně, kde byla ustavena po anšlusu v roce 1938 a pro zajištění jejího bezporuchového chodu byl zřízen zvláštní oddíl zbraní SS. Rovněž zde byl umístěn pracovník německé tajné policie Gestapa, aby udržoval stálé spojení s její expoziturou.

Proces při získávání povolení byl organizován s německou důkladností. Žadatelé museli postupně navštěvovat určené kanceláře, kde protektorátní úředníci berní správy, ministerstva sociální péče, financí a policie vyřizovali potřebné formality. Ty pak zkontrolovali příslušníci Sicherheitsdienstu a po schválení potřebných úkonů byly žadatelům vydány potřebné doklady nezbytné pro emigraci. Dříve než dostali pas a propustku, nutné pro stěhování životně potřebných svršků, byli především zbaveni veškerého majetku. Nakonec se dostavili do místností pobočky Židovské náboženské obce, která vystěhovalcům měla za úkol poskytovat pomoc a dávat rady, aby jejich vystěhování bylo povoleno. Denní počet vystěhovalců byl stanoven Němci do výše sedmdesáti osob. Osoby nežidovského původů si musely veškeré podklady pro vystěhování vyřídit samy a pas jim vydával příslušný německý oberlandrát. Úzká skupina bohatých Židů, vykoupených za dolary z vězení gestapa nebo z koncentračních táborů, obdržela doklady potřebné k vystěhování přímo od tajné státní policie.

Emigrace však byla postupem doby stále obtížnější. Neustále se snižoval počet států, které byly ochotny židovské emigranty přijímat. Západní země, bránící se přílivu uprchlíků z Německa a jím okupovaných zemí, stanovily velmi nízké roční limity. Ty platily i pro Palestinu, kam utíkali především členové sionistických organizací. Po rozpoutání války se počet možných cílových zemí dále snižoval a nakonec byli emigranti odkázáni především na země Jižní Ameriky a Šanghaj.

Také počty emigrantů se stále snižovaly. Zatímco v roce 1939 se z Protektorátu legálně vystěhovalo 19 016 a v roce 1940 ještě 6176 Židů, v roce 1941 to bylo jen 535 a během následujících dvou let pouhých 93 osob. Potíže nastaly až těsně před přepadením Sovětského svazu v červnu 1941. V druhé polovině roku 1940 byly podstatně sníženy výjezdy osob do zemí, kam již dorazily transporty v předcházející době.Téměř bez omezení však pokračoval výjezd do Šanghaje přes Sovětský svaz. Vystěhovalci byli postaveni před dvě možnosti, buď čekat na sestavení transportu z Protektorátu nebo se připojit k transportu z jiných zemí, který projížděl jeho územím. Každý, kdo žádal o vystěhování, si musel však opatřit vízum do některého ze států, který nebyl ve válečném stavu s Říší. Celkem se tak legálně z protektorátu vystěhovalo 26 093 Židů. K nim je třeba připočítat ty, kteří z Protektorátu utíkali ilegálně, především do Polska a po jeho obsazení na Slovensko. Celkem se odhaduje, že dohromady z Protektorátu uniklo zhruba 30 000 Židů. Řada z nich se později zapojila do zahraničního odboje. Část z nich také "konečné řešení židovské otázky" zastihlo v jiné zemi okupované Německem nebo nacházející se v nacistické sféře moci.

Jenom transporty z Francie do Osvětimi bylo na smrt odvlečeno více než 600 bývalých československých občanů.