Zákon byl původně připravován vládními orgány, nakonec však byla díky nechopnosti vyřešit elementární problémy shody dosavadních analogových postupů ve státní správě s digitálními (elektronická varianta doporučeného dopisu s doručenkou, doporučeného dopisu a dopisu do vlastních rukou) za aktivního přispění ministra Březiny a jeho "poradců" přijata narychlo upečená poslanecká varianta Vladimíra Mlynáře a spol., jejíž přípravu iniciovalo a financovalo lobbistické "Sdružení pro informační společnost" -- organizace firem z oblasti informačních a telekomunikačních technologií. Jeho praktická realizace nejen narazila na řadu problémů souvisejících se zpožděním přípravy odpovídajících vyhlášek a nařízení a potřebnou úpravu procesních norem, ale především na nedostatek praktických aplikací ve veřejné správě, které by ho využívaly. Jejich zavedení však naráží na nutnost používat pro komunikaci s občany certifikační služby firem mimo orgány státu.

I když stát při vydávání občanských průkazů, pasů apod. prakticky provádí autentizaci, tedy ověřování totožnosti žadatele, podle stávajícího zákona nemá možnost zřídit vlastní certifikační autoritu a akreditované certifikační služby musí nakupovat. To je sice výhodné pro velké firmy v informačním průmyslu, které se mohou ucházet o státní zakázky na certifikaci úředníků, avšak občany i stát to přijde draho. 1. certifikační autorita PVT nabízela tyto služby řádově za 700 Kč/rok. Přitom tento "digitální privátně odčerpvací penězovod" ze státního rozpočtu nemá nižádnou oporu v analogovém světě, kdy státní, kulaté razítko je tou "nejvyšší autoritou". Čím více by se rozvíjel "pokrokový" způsob státní správy, tím větší zisky by měly "mandatorně" soukromé firmy. Odeslání dopisu z jednoho úřadu na druhý poštou tak vyjde levněji, bez ohledu na množství papíru, spotřebované ve státní a veřejné správě, bez ohledu na prodlevy a nepohodlí při skladování papírových kopií. Dovezení daňového přiznání do finančního úřadu taxíkem vyjde občana také levněji než jeho odeslání po Internetu. Vysoká cena certifikačních služeb souvisí jednak s kartelovým charakterem schváleného zákona, jednak zřejmě i s tím, že certifikační autorita musí do ceny započíst i poměrně vysoké pojistné, kterým se zajišťuje proti případným problémům.

Autoři zákona byli totiž příliš velkorysí: podle litery zákona stejným elektronickým podpisem, který se vyžaduje pro daňové přiznání či žádost o sociální dávky, může být podepsána třeba i obchodní smlouva o převodu vlastnictví. Věcný problém je ovšem v tom, že elektronický podpis ve skutečnosti funguje nikoli jako podpis, ale spíše jako elektronické razítko -- číselnou kombinaci, která se podle určitého algoritmu využívá pro elektronické podepisování může (obdobně jako razítko) teoreticky použít kdokoli, a je pouze na vlastníkovi aby zajistil, že jeho "tajný elektronický klíč" nikdo cizí nezneužije. V případě soudního sporu je potom na něm, aby dokázal že danou listinu nepodepsal! Toto riziko se pak odráží v pojištění, které certifikační autorita promítne do ceny za certifikaci. To ovšem komunikaci státní správy neúnosně prodražuje a není divu, že praktické využití elektronických komunikací státní správy pokulhává. Kdyby podle stejných zákonů fungovalo elektronické bankovnictví, pak bychom se asi těžko dočkali ovládání účtu přes Internet či SMS, které je dnes běžnou nabídkou českých bank.

Na elektronický podpis, který se využívá pro elektronické bankovnictví jsou totiž kladeny menší nároky, než na elektronický podpis pro žádost o sociální dávky. Elektronický podpis pro kontakt s bankou je možno použít pouze pro kontakt s bankou. Není ním možné třeba možné elektronicky podepsat obchodní smlouvu. Je zajímavé, že třeba ve švédský stát udělal dohodu s některými bankami a pro komunikaci občanů a státu využívá elektronický podpis pro elektronické bankovnictví (a žádný speciální zákon k tomu švédský parlament nemusel přijímat).

Je paradoxem, že současná forma zákona o elektronickém podpisu se v České republice stala spíše brzdou než pomocí elektronické komunikace ve státní správě. Díky "pokrokovému" ministrovi a vládním poslancům, kterým je otázka technologického pokroku a zlepšení chodu státní správy ukradená.