Podle předchozích verzí návrhu neměly spolky vznikat na základě rozhodnutí ministerstva vnitra, ale již účinností stanov přijatých na ustavující členské schůzi. Zápis do veřejného rejstříku by tak neměl vliv na vznik spolku, ale pouze by osvědčoval jeho existenci a zveřejňoval jeho statutární orgány. "Takové řešení by bylo v souladu s demokratickými principy fungování právního státu a koneckonců i s naším ústavním pořádkem. Podle Listiny základních práv a svobod se totiž žádný akt státní správy k zajištění sdružovacího práva nevyžaduje," uvádí Luděk Šikola z Ekologického právního servisu. Česká republika se tak mohla přiblížit moderní úpravě v Nizozemí, Švédsku či Švýcarsku.

Po zásazích ministerstva vnitra v připomínkovém řízení se však v poslední verzi návrhu zákona znovu objevil starý registrační princip vzniku spolku. V praxi to tedy znamená, že kdokoli si bude chtít založit spolek, bude muset podat návrh na zápis do veřejného rejstříku a čekat na rozhodnutí, zda bude zápis povolen. V případě, že bude zápis na základě nejasných kritérií odmítnut, spolek vůbec nevznikne. Zatím není známo, kdo by měl o registraci konkrétně rozhodovat. Ponechat tyto kompetence v rukou ministerstva vnitra, s jehož arbitrárními postupy mají občanská sdružení velice špatné zkušenosti, by však bylo z demokratického hlediska naprosto nepřijatelné. V západních zemích je běžné, že občanská sdružení informují o svém založení rejstříkový soud. Pokračování registrace prostřednictvím ministerstva vnitra by tak i dále navazovalo na období komunismu.

Občanská sdružení si uvědomují nutnost existence veřejného rejstříku, kde by každý mohl dohledat základní údaje o spolku, a sama po vzniku takového rejstříku již léta volají. Stát by ale rozhodně neměl mít možnost rozhodovat o tom, které sdružení vznikne a které nikoli.

Problémová se jeví rovněž přebujelá právní úprava týkající se obsahu stanov, likvidace, fůze a dalších otázek života spolků. Blíží se absurdně spíše úpravě obchodních společností. Například stanovy spolku by podle aktuálního návrhu musely povinně obsahovat i zdroje příjmů a popis vnitřní organizace spolku. Občanská sdružení pokládají přehnanou důkladnost, s jakou se návrh zákona snaží vypořádat se všemi těmito otázkami, za odporující principům soukromého práva, v jehož rámci nemají být všechny podrobnosti občanského života regulovány státem. Vhodnější je proto ponechat řešení těchto otázek čistě na vůli občanů. Ti by měli mít možnost sami si upravit ve stanovách, co uznají za důležité.

Občanská sdružení jsou přesvědčena, že takto složitá úprava bude odrazovat občany od zakládání spolků a povede ke snížení rozmanitosti občanského života. Podle Jany Marečkové z Ligy lidských práv "je zřejmě potřeba více zdůrazňovat státním orgánům, že občanský zákoník je nejdůležitějším právním předpisem především pro občany. Zbytečné zasahování do tvorby tohoto předpisu ze strany ministerstva vnitra představuje nebezpečí pro občanské svobody a je třeba ho co nejvíce eliminovat."