GMO například mnohdy obsahují tzv. markerové geny kódující odolnost vůči antibiotikům (ATB). Britská vědecká studie (http://www.royalsociety.org) prokázala, že tyto geny procházejí z části nezničeny zažívacím traktem člověka až do tlustého střeva, které je bohatě kolonizováno nejrůznějšími bakteriálními kmeny. Pokud by tyto bakterie zabudovaly geny rezistence vůči antibiotikům do své genetické informace, znamenalo by to patrně nežádoucí zvrat vedoucí ke vzrůstu odolnosti patogenních mikroorganismů vůči ATB. A právě ta je, jak známo, jednou z hlavních výzev moderní medicíny. Toto riziko si jistě uvědomují nejen odpovědní odborníci a státní úředníci, ale dokonce i představitelé průmyslu. A je to důvod, proč jsou plodiny obsahující markerové geny rezistence vůči ATB vytlačovány.

Nejasné jsou i dlouhodobé účinky nízkých dávek geneticky modifikovaných potravin, které současná věda zatím nebyla schopna prostudovat. Někteří toxikologové například varují před rizikem tzv. vývojové toxicity pro plod vyvíjející se v těle matky, kterou naznačily experimenty se zvířaty. Vážným nedostatkem propagandy o bezpečnosti GM potravin je též absence komparativní studie, která by srovnala zdravotní důsledky konzumace konvenčních a geneticky modifikovaných potravin na lidské zdraví. V USA, kde je konzumace GM potravin nejrozšířenější, dokonce takovou studie prakticky není možné uskutečnit, neboť americká administrativa ignoruje požadavek více než 90 procent obyvatel na označování potravin obsahujících složky GMO. Zavedení tzv. labelingu GM potravin se intenzivně brání zejména firma Monsanto. Ta se obává, že i američtí spotřebitelé by dávali přednost nemanipulovaným potravinám (GM free), což by pro firmu patrně znamenalo ekonomický krach.

Znepokojivé jsou též informace o vzniku plevelů rezistentních vůči herbicidům v důsledku pěstovaní herbicid tolerantních GM plodin. Pokud se potvrdí trend růstu spotřeby herbicidů v důsledku zavedení GM plodin v USA, může to mít sice příznivý vliv na obrat firmy Monsanto, která je vyrábí, ale také velice nežádoucí důsledky pro lidské zdraví a pro přírodu.

Po zkušenostech toxikologů s látkami jako jsou DDT, PCB nebo dioxiny je na místě opatrnost. Kategorická tvrzení o neexistenci vlivu GM potravin jen proto, že doposud nebyl prokázán (a v mnoha ohledech doposud nebyl nebo dokonce nemohl být studován) si může dovolit PR agentura firmy Monsanto (http://www.dbm.cz), ale měli by se jim vyvarovat seriózní vědci reprezentující Universitu Karlovu či Akademii věd ČR. Z vědeckého hlediska jsou taková tvrzení představitelů organizace BIOTRIN (http://www.biotrin.cz) zcela neobhajitelná.