Zabýval se českými (československými) dějinami sedmnáctého až dvacátého století. Je autorem děl, jako jsou Od baroka k romantismu nebo Josef Pekař - Život a dílo, popularizačních prací Rekatolizace v Čechách - její smysl a význam, Antonín Švehla nebo Edvard Beneš. Byl znám svými zásadními postoji před listopadem 1989, po listopadu byl doslova hybatelem dění v řadě spolků, za které jmenujme alespoň Matici českou, Masarykovu společnost nebo Pekařovu společnost - Český Ráj.

Věnoval se popularizaci české a československé dějinné tradice také prostřednictvím historické publicistiky, kde uplatňoval svou schopnost psát bohatým, a přitom vytříbeným jazykem. Josef Hanzal znal z vlastní zkušenosti situaci v českých sdělovacích prostředcích a vyslovil se k ní kriticky např. při prezentacích publikací historika Bořivoje Čelovského o stavu současného českého tisku Konec českého tisku? a Konec českého tisku (BL o nich přinesly informace např. zde, zde a zde).

Na šumavském hřbitově v rodných Radhosticích se s Josefem Hanzalem ve středu rozloučili členové rozvětveného rodu Hanzalů, představitelé akademické obce, historického ústavu, národního muzea, spolků, kolegové a přátelé, mezi jinými i výše zmíněný Bořivoj Čelovský, který dorazil z Ostravy.