"Legální uznání homosexuálních svazků nebo pokládání těchto svazků na stejnou úroveň s manželstvím by znamenalo nejen uznání deviantního chování..., ale rovněž by zatemnilo základní hodnoty, které patří ke společnému dědictví lidstva.... Svolit, aby děti byly adoptovány takovými (homosexuálními) svazky, by současně znamenalo páchat na těchto dětech násilí tím..., že by byly umístěny do prostředí, které je nevede k plnému lidskému rozvoji," pokračuje 12stránkový dokument vydaný vatikánskou Kongregací pro doktrínu víry.

V roce 1996 zorganizoval kardinál Atonga, nejvyšší katolický církevní hodnostář v Keni, symbolické pálení prezervativů na hranici.

Boj proti AIDS - Papež (a katolická církev) tvrdí, že jediným prostředkem, který může ukončit tragickou pandemii, je ctnostný život a sexuální zdrženlivost. Odmítá používání kondomů - podle expertů klíčový prostředek v boji proti šíření AIDS. Jan Pavel II. označil chorobu AIDS za "patologii ducha".

Homosexualita - Papež v červenci 2000 před desetitisíci poutníky a turisty na náměstí svatého Petra ve Vatikánu řekl, že pro katolickou církev jsou homosexuální kontakty "v rozporu s přírodním zákonem". Legalizace sňatků mezi homosexuály je podle dokumentu schváleného papežem "proti přirozenému morálnímu zákonu"; papež odmítá také adopce dětí homosexuálními dvojicemi.

Eutanazie - V encyklice Evangelium života z roku 1995 papež varoval, že demokracie, které povolují "kulturu smrti", směřují k totalitě. V prohlášení z prosince 1997 Svatý otec vyzval lékaře na celém světě zásadně nepřistupovat "ke krokům nebo opomenutím, směřujícím k zajištění smrti s cílem vyhnout se bolesti".

Kontrola porodnosti - Papež i doktrína katolické církve zásadně odmítá "nepřirozené" metody kontroly porodnosti formou interrupce, antikoncepce i umělého oplodnění. V listopadu 1996 Jan Pavel II. v dopise určeném vedení vatikánského Institutu pro bioetiku zdůraznil, že kontrola porodnosti ruinuje smysl lidí pro morálku, protože jim dává falešný pocit sexuální svobody. Svatý otec v minulosti v souvislosti s potraty mluvil o "urážce života" a porušení "etických principů" či dokonce o "hrozném zločinu". Antikoncepční prostředky papež výslovně nikdy neodsoudil a to z prostého důvodu, že se o nich nikdy nezmínil.

Klonování - Jan Pavel II. v únoru 1999 odsoudil experimenty s klonováním lidí a zdůraznil, že lidský život a jeho důstojnost musí být ochraňovány. Papežova encyklika Evangelium života z roku 1995 odmítá pokusy s lidskými embryi a veškeré formy umělého oplodnění jako zločiny proti lidské důstojnosti. Podle papeže je využití lidských embryí k výzkumu hřích.