Aktuální vyčíslení odhadovaných nákladů na budování plánované protiraketové základny v Evropě zdaleka nezahrnuje veškeré nutné náklady, konstatuje studie Government Accountability Office. Odhad ve výši 837 milionů dolarů mimo jiné nezahrnuje náklady na energii a obsluhu objektů. MDA poskytlo odhad nákladů bez toho, aby učinilo některá rozhodnutí ohledně designu základen a bez zákonem předepsaného připomínkování armádními ženisty, kteří by základny budovali. Odhad dále nezahrnuje odhady provozních nákladů obou základen, jako je ubytování personálu nebo náklady spojené s fluktuací měnových kursů. GAO uvádí, že zatímco ministerstvo očekávalo náklady ve výši 837 milionů dolarů (v rozpočtu na fiskální rok 2009), květnový odhad Army Corps of Engineers týkající se výstavby objektů už přesahuje částku 1 miliardy. Podobně je tomu s náklady na provoz a údržbu - ministerstvo odhadlo náklady v letech 2008-2013 na 612 milionů, odhad však nezahrnuje náklady na provozování objektů US Army (v případě Polska) a US Air Force (v případě ČR), ani náklady na zajištění bezpečnosti; a nebylo dokonce ani dosud určeno, z jakých zdrojů by se provozní náklady měly pokrýt. GAO v této souvislosti upozorňuje, že v podobných případech činí provozní náklady typicky až 70% celkových nákladů.

Kongres, který by měl finanční dostupnost plánované evropské základny přehodnotit v rámci schvalování Quadrennial Defense Review počátkem roku 2010, tak stále nemá k dispozici kompletní podklady - fakticky je odkázán na dokumenty vzniklé ještě v únoru 2008. GAO proto žádá ministerstvo obrany mj. o každoroční aktualizaci rozpočtových požadavků založenou na nejlepších dostupných údajích, včetně aktualizací odhadů stavebních nákladů, projekčních nákladů od zahájení projektu a nákladů na provoz a údržbu základen. Dosud také nebyly ani přibližně vyčísleny náklady na druhý, mobilní radar.