Ministerstvo životního prostředí ve svém stanovisku o hodnocení vlivů na životní prostředí požaduje úplné přepracování návrhu Politiky. Předně konstatuje, že návrh Politiky trpí zásadními nedostatky a nezajišťuje udržitelný rozvoj ČR, jak by mělo být jeho úkolem a naopak bude mít negativní dopad na životní prostředí. Dále konkrétněji specifikuje své výhrady, zejména:

• návrh Politiky nerespektuje nutnost vyšší úrovně ochrany přírody v národních parcích a chráněných oblastech. Naopak, na Šumavě, v Krkonoších a v Jeseníkách prosazuje intenzivní rozvoj infrastruktury pro turistický ruch (ubytovací kapacity, sjezdovky atd.),
• kritizuje nedostatečné posouzení potřebnosti některých dopravních staveb (silnic a vodních cest), cit: "návrh místy přebírá zastaralé či velmi sporné záměry, aniž by zohledňoval aktuální stav znalostí a potřeb (potřeb společnosti, požadavky na udržitelný rozvoj)." Zaměřuje se zejména na severozápadní část okruhu kolem Prahy, který se připravuje k v! ýstavbě ve variantě přes MČ Suchdol, která byla vyhodnocena jako horší z hlediska vlivů na životní prostředí. Dále na stavbu rychlostní silnice R43 Moravská Třebová -- Brno, která má procházet hustě osídlenou částí Brna. Tvrdě rovněž kritizuje plán výstavby nové vzletové a přistávací dráhy v Ruzyni, která podle dostupných údajů povede k nadlimitnímu zatížení okolních obcí hlukem,
• další výtky MŽP se týkají již tradičně energetiky. Ministerstvo trvá na zakotvení limitů těžby hnědého uhlí v severních Čechách, kritizuje předčasné vymezení územní ochrany šesti lokalit pro úložiště vyhořelého jaderného paliva, rozšíření Temelína a Dukovan a vymezení území pro novou jadernou elektrárnu v Blahutovicích,
• vytýká návrhu Politiky, že neřeší nejožehavější problém životního prostředí v současné době -- čistotu ovzduší. (např. prostřednictvím stanovení limitů pro výstavbu nových velkých zdrojů znečišťování v krajích).

"Nový ministr Svoboda není v lehké situaci. Politika je skutečně špatně připravená měla by se přepracovat, jak požaduje ministerstvo životního prostředí. Její návrh vymezuje snad všechny kontroverzní stavby a opatření v České republice, o kterých se diskutuje z hlediska jejich vlivů na životní prostředí lidí," říká Vendula Zahumenská, právnička Ekologického právního servisu, který se přípravou Politiky dlouhodobě zabývá.