Státní souhlas se zřízením soukromé vysoké školy předpokládá úspěšnou akreditaci. Ta je přitom spjata s vážnými problémy. Některé z nich plynou přímo z deficitů současné právní úpravy. Podle zákona může působit jako soukromá vysoká škola jakákoli právnická osoba se sídlem v České republice. V případě všech dosavadních žadatelů se jednalo o podnikatelské právnické osoby (společnosti s ručením omezeným, respektive akciové společnosti).

Tento stav, a to i ve srovnání s existujícími systémy soukromého vysokého školství, není šťastným řešením. Soukromé vysoké školy by měly být z povahy věci neziskovými právnickými osobami. Smysl této bariéry přitom spočívá v utváření právního tlaku na etiku vysokoškolského prostředí.

Dalším problémem jsou personální garance nových škol. Akreditační komise je konfrontována se situací, kdy vysokoškolští pedagogové působí na více vysokých školách najednou. Nejsou výjimkou případy tří, čtyř nebo pěti souběžných pracovních poměrů. Pokud se ze strany učitelů v této souvislosti na jejich obranu uváděl argument nízkých platů, zdá se, že současná praxe již vede k etickým i odborným deficitům (tuto skupinu učitelů nazývají v Polsku turbo-profesoři).

Důsledkem této situace je stav, kdy vysoká škola existuje bez zázemí kvalifikovaných interních učitelů a není profilována tím, co představuje její definiční znak: vlastní původní vědeckou prací.

Personální obsazení na soukromých vysokých školách nepřímo souvisí se zvýšením efektivnosti práce vysokoškolských učitelů na dnešních veřejných vysokých školách, jež by bylo lze dosáhnout systemizací pracovních míst spjatou se zvýšením úvazků i příjmů.

Takový krok by uvolnil z veřejných vysokých škol část kvalifikovaných odborníků právě pro oblast škol soukromých. Dále by takový krok musel být eticky spojen s inkompatibilitou působení na třech, čtyřech a více vysokých školách.

Třetím problémem je absence překážky věci rozhodnuté v řízeních dle zákona o vysokých školách. Je součástí staleté právní zkušenosti, že racionální fungování právního rozhodování je spjato s nezbytností konečného rozhodnutí, jež lze změnit pouze za okolností výjimečných.

Akreditační komise v oblasti posuzování návrhů na zřízení nových škol představuje obraz Sisyfův, když opakovaně posuzuje stále se vracející více méně totožné návrhy. Rozšíření počtu vysokých škol, spjaté se vznikem soustavy škol soukromých, by mělo nutně a přirozeně vést k jejich diferenciaci. Tu lze sledovat několikerými cestami. Stávající zákon rozlišuje bakalářské a magisterské studijní programy, přičemž praxe vytvořila dva typy bakalářského studia: tzv. prostupného bakaláře (na nějž navazuje studium magisterské) a specializovaného bakaláře (jenž je obdobou německé Fachhochschule). V této souvislosti lze jen doporučit zvyšování společenské prestiže bakalářského studia, napomáhání i další mnohotvárnosti systému a varovat před schematismem a uniformitou.