Ilustrací represivního potenciálu tohoto zákona je, že jeho verzi z doby první republiky téměř beze změny přijal "komunistický" zákon z roku 1948, který byl výrazně zaměřen na represi odpůrců nového režimu a rozhodnutí podle něj byla po roce 1989 otevřena rehabilitačnímu řízení. Situace vedla k absurdním situacím, avšak s citelnými dopady na práva osob těmito ustanoveními dotčených. Bylo možné odsoudit člověka za sbírání, sdělení či šíření informací, které byly definovány vágně. Vyhláška ministerstva vnitra z roku 1964 byla velmi stručná a obecná. Skutečnosti tvořící státní tajemství sice byly blíže vymezeny v rámci orgánů tehdejší politicko-hospodářské soustavy, avšak nebyly nikde publikovány. Nedostatek elementární právní jistoty z toho vyplývající byl dokonce označen za slabinu i tehdejším ministrem vnitra při přijímání zákonné úpravy státního tajemství ve Federálním shromáždění v roce 1971.

...

Ilustrujícím příkladem dopadu tohoto modelu úpravy je případ z roku 1964, kdy byl za vyzvědačství stíhán a odsouzen člověk, přičemž až soud měl pomocí znaleckých posudků zjišťovat, zda jsou informace, které tento muž sdělil generálnímu tajemníkovi OSN a jednomu americkému žurnalistovi, státním tajemstvím.

...

Zákon č. 148/1998 Sb., o ochraně utajovaných skutečností ve znění pozdějších předpisů, je základní obecnou normou správního práva, která upravuje vymezení utajovaných skutečností, režim nakládání s nimi, kompetence Národního bezpečnostního úřadu a dalších orgánů na tomto úseku, určitá procesní pravidla a sankční režim v této oblasti.

V rámci právního řádu ČR se zákon se musí, jako každý jiný, "vejít" do ústavních mantinelů daných zejména čl. 17 Listiny základních práv a svobod, který upravuje právo na informace a přípustné výjimky z něj: "Svoboda projevu a právo na informace jsou zaručeny" (odst.1) a "Státní orgány a orgány územní samosprávy jsou povinny přiměřeným způsobem poskytovat informace o své činnosti" (odst.5, ve kterém je zároveň stanoveno, že podrobnosti stanoví zákon). Existence zákona o utajovaných skutečnostech je pak umožněna díky výjimce v odstavci 4, která připouští omezení těchto práv "jde-li o opatření v demokratické společnosti nezbytná pro ....bezpečnost státu, veřejnou bezpečnost...".

Neopominutelným korektivem pro zákonodárce je rovněž čl. 4 odst. 4 "Při používání ustanovení o mezích základních práv a svobod musí být šetřeno jejich podstaty a smyslu. Taková omezení nesmějí být zneužívána k jiným účelům, než pro které byla stanovena."

...

Soulad daného zákona s předpisy vyšší právní síly již zkoumal Ústavní soud - a došel k závěru, že původní podoba, přijatá parlamentem na návrh vlády, již zasahuje do základních práv a zákon změnil. Soud shledal, že pouze příkladmý výčet okolností, zakládajících bezpečnostní riziko u fyzické osoby připouští volnou úvahu Národního bezpečnostního úřadu. To v oblasti rozhodování o tzv. bezpečnostní prověrce, zakládá porušení práva na řádný proces, a vzhledem k důsledkům i porušení práva na svobodný výběr povolání.

Zákon o ochraně utajovaných informací se však střetává i s dalšími Úmluvou zaručenými právy, zejména právem na řádný proces (řízení a rozhodování o vydávání osvědčení seznamovat se s tajnými informacemi) a právem na ochranu soukromí (způsoby provádění tzv. bezpečnostních prověrek). Zákon č. 148/1998 Sb. tak představuje nárůst ochrany utajovaných skutečností spojený se zintenzivněním zásahů do základních práv a svobod. Od počátku projednávání návrhu zákona se proto vyskytovaly pochyby odborné veřejnosti, zda jsou tyto zásahy a jejich rozsah ústavně konformní (a samozřejmě konformní s mezinárodními smlouvami o lidských právech, které Česká republika podepsala). Pozdější rozhodnutí Ústavního soudu jim dala v mnohém (viz výše) za pravdu. Zákon prošel několika novelizacemi, přičemž zásadní význam má novela přijatá jako zákon č. 310/2002 Sb.

...

Systémovým problémem je -kromě samotného utajování dokumentů, podle kterých vyžaduje NATO postup národních vlád (a zákonodárců)-, že nelze vyloučit, že NATO utajuje i skutečnosti, které nesplňují znaky utajované skutečnosti podle tuzemského zákona (ať již materiální vymezení nebo zařazení na seznam v nařízení vlády). Možnost veřejnosti získat informace o politice "bezpečnosti informací" NATO a jejím přímém dopadu na legislativní požadavky jednotlivých států je však kromě skouposti důvodové zprávy tuzemských předkladatelů bohužel omezena i samotným faktem, že tato politika není veřejně přístupná (!). Je obsažena v několika dokumentech, především Bezpečnostních dohodách, což jsou smlouvy podle mezinárodního práva. Navzdory tomu, a faktu, že nejsou označeny za tajné, nejsou jako celek veřejnosti přístupné a žádosti na základě práva na informace jsou odmítány.

Pokud mezinárodní smlouva zavazuje utajovat i skutečnosti, které takto podle českého práva hodnoceny nejsou, otevírá se tím mnoho problémů. Hrozí tak účelové utajování v rozporu se zákonem. Dané ustanovení smlouvy nemají tzv. self-executive povahu, takže se nepoužijí namísto zákona podle čl. 10 Ústavy. Hrozí tak vznik rozporu se závazkem ČR vůči NATO a závazkem postupovat při klasifikaci utajovaných skutečností podle zákona, tj. dostávat závazku čl. 1 Ústavy (vázanost státu vlastním právem, tj. právní stát). Problematičnost je násobena "utajováním utajování" tj. diskrétním režimem v této oblasti, kdy je obtížné tento vysoce nežádoucí jev vůbec seznat.

...

Netransparentnost zde dokonce ani nemůže vyloučit použití trestněprávní koncovky ochrany utajovaných informací, které by nestálo na pevném právním základu.