Sir John Scarlett, bývalý rezident britské rozvědky v Moskvě a nyní šéf MI6, byl zapojen do verbování Litviněnka k britské tajné službě. Jako britský agent dostával 2,000 liber měsíčně v době, kdy byl zavražděn. Skutečnost, že pracoval pro MI6, vrhá nové světlo i na jeho zvláštní smrt. Po vyčerpávajícím vyšetřování Scotland Yardu, žalobce označil za potenciálního vraha Andreje Lugového, se kterým se Litviněnko setkal těsně před svou smrtí. Informaci o příslušnosti Litviněnka k MI6 přinesl z britských zpravodajských kruhů společensko bulvární deník Daily Mail. Bývalý disident Vladimir Bukovskij poukazoval na to, že Litviněnko nabízel MI6 po svém zběhnutí tajné dokumenty o ruském režimu, Londýn ale neprojevil zájem a choval se k Litviněnkovi nedůvěřivě. Lugovoj okomentoval pro ruská média tvrzení Daily Mailu jako potvrzení teze, že za vraždu Litviněnka je zodpovědná MI6.