Protože Bin al Šibh, nedostal americké vízum a nemohl se tedy stát jedním ze sebevražedných pilotů, stal se v Německu telefonickou spojkou a koordinátorem mezi teroristy z 11. září a organizátorem těchto útoků Khalidem Šejkem Mohamedem, který žil v Pákistánu. Je zřejmé, že Moussaoui byl v nějakém spojení s těmito útoky. Po 11. září se ale ukázalo, že kromě Bin al Šibha v Německu, neudržoval styky (alespoň telefonické, o e-mailových se nic neví, protože 90 dní po zatčení je poskytovatel automaticky zrušil, aniž by se o ně FBI zajímala) s žádným z teroristů, kteří se na útoky připravovali na území USA. Ti ostatně v době, kdy byl Moussaoui zatčen, už žili ve skupinách. Americká vyšetřovací komise pro útoky z 11. září proto dospěla k názoru, že byl nějakým typem záložního pilota. Přesto, díky zatčení Zachariase Moussaouiho, bylo možné útokům z 11. září zabránit, kdyby jeho vyšetřování nesabotovalo ředitelství FBI.

Moussaoui přiletěl do USA 23. února 2001, tedy zhruba o rok později než sebevražední piloti, kteří se účastnili útoků z 11. září. Jako francouzský občan s francouzským pasem měl oprávnění zůstat v USA 90 dní bez víza, tedy do 22. května 2001. 26.února nastoupil v Oklahomě do letecké školy, kde se učil létat na malém letadle typu Cesna. Protože ale letecká škola v Oklahomě neměla v programu výcvik v létání na velkých civilních letadlech, složil 10. července zálohu v letecké akademii v Eganu ve státě Minnesota na výcvik na simulátoru letů na Boeingu 747 a 10. srpna kurs doplatil z peněz, které mu poslal Bin al Šibh z Německa. Do kursu začal chodit 13. srpna, ale u svého instruktora i dalších zaměstnanců akademie vyvolal podezření. V této letecké akademii bylo totiž zvykem, že tam na výcvik na simulátoru přicházeli čerstvě najatí piloti z leteckých společností k poslednímu výcviku než začnou létat nebo už zaměstnaní piloti, kteří si potřebovali občerstvit své znalosti. Bylo tedy typické, že žáci měli pilotní průkaz, byli zaměstnáni u leteckých společností a měli nalétáno několik tisíc hodin. Moussaoui měl nalétáno jen 50 hodin na malém letadle a chyběly mu jakékoli znalosti o velkých letadlech, které byly samozřejmostí u ostatních žáků. Svému instruktorovi řekl, že nemá zájem získat pilotní průkaz a že se chce naučit startovat a přistávat s Boeingem 747 jenom aby podpořil růst svého ega. Navíc ho mimořádně zajímalo zacházení s dveřmi letadla a palubní deskou a řekl, že by si velmi rád vyzkoušel let z Londýna do New Yorku.

15. srpna o něm informoval jeden zaměstnanec letecké akademie kancelář FBI v Minneapolis. Ta ihned otevřela vyšetřování případu mezinárodního terorismu a začala o něm diskutovat s ředitelstvím FBI. Tamní agent jim doporučil, aby Moussaiho sledovali, ale vedoucí kanceláře v Minneapolis rozhodl, že důležitější je možnému teroristickému činu zabránit. Požádal o informace o Moussaouim přidělence FBI v Paříži, zjistil u přistěhovaleckého úřadu, že přetáhl platnost svého víza a společně s jeho agenty hned 16. srpna zadrželi Moussaouiho i jeho spolubydlícího v jejich hotelu a předvedli je k výslechu. Moussaoui měl u sebe francouzský pas a anglický řidičský průkaz. To vedlo kancelář FBI v Minneapolis k dotazu na Moussaouiho také u přidělence FBI ve Velké Britanii. Ten ale pojal tuto žádost jako méně naléhavou a tak se stalo, že britská tajná služba informovala FBI o tom, že Moussaoui byl na výcviku v Afghánistánu až po 11. září. Moussaoui měl u sebe také potvrzení, že požádal přistěhovalecký úřad o prodloužení pobytu v USA a doklad, že má v bance uloženo 32.000 dolarů. Vyšetřující agent zjistil, že Moussaoui neumí přesvědčivým způsobem vysvětlit, jak tyto peníze získal. V jeho pasu zjistil, že navštívil Pákistán, o kterém se vědělo, že přes něj jezdí teroristé na výcvik do Afghánistánu a konstatoval, že Moussaoui jeví rozrušení, kdykoliv se ho zeptá, jestli během návštěvy Pákistánu navštívil i sousední země. Moussaoui tvrdil, že navštívil obchodně Maroko, Malajsii a Pákistán, ale neuměl přesvědčivě vysvětlit v čem spočívala jeho práce. Svému leteckému instruktorovi tvrdil, že není muslim, ale při výslechu jevil rozrušení, kdykoliv byl dotazován na své náboženské přesvědčení. Navíc jeho spolubydlící při výslechu řekl, že Moussaoui je fundamentalistický muslim a že mu řekl, že "opravdoví muslimové se musí připravovat k boji". Spolubydlící také o Moussaouim řekl, že se cvičí v bojových uměních a že si chce koupit přijímač globálního lokalizačního systému GPS. Moussaoui také, na rozdíl od svého spolubydlícího, nesouhlasil s prohlídkou svých osobních věcí. Mezi těmi byly dva nože, vycpávané rukavice, chrániče holení a přenosný počítač. Agenti z Minneapolis se hned dotázali na ředitelství FBI, jestli smí prohledat paměť Moussaouiho počítače, ale bylo jim sděleno, že k tomu potřebují soudní příkaz (v počítači by přitom našli Bin al Šibhovo telefonní číslo, jehož odposlech by jim mohl umožnit nalézt v USA Mohameda Attu a odhalit celý plán). Agent přistěhovaleckého úřadu Moussaouimu sdělil, že bude deportován a Moussaoui souhlasil s tím, aby jeho věci byly bezpečně uloženy na přistěhovaleckém úřadu.

18. srpna zaslala kancelář FBI v Minneapolis oddělení fundamentalistického radikalismu na ředitelství FBI memorandum, ve kterém jim sdělovala informace o Moussaouim a vyjadřovala přesvědčení, že Moussaoui a jeho spolubydlící jsou součástí větší mezinárodní radikální fundamentalistické skupiny, která se chce zmocnit letadla. Kancelář v Minneapolis se také, na doporučení ředitelství rozhodla, z obavy, že by se jim nepodařilo získat povolení k prohlídce Moussaouiho věcí od běžného soudu, zažádat o povolení k prohlídce zvláštní soud ustavený pro vyšetřování špionáže a terorismu. K tomu ovšem potřebovali důkaz, že Moussaoui je spojen s cizí mocí. Už 22. srpna kancelář FBI v Minneapolis dostala zprávu z Francie, že Moussaoui byl ve spojení s čečenským povstaleckým vůdcem Ibn al Chatabem, což nutně muselo posílit jejich podezření, že Moussaoui je terorista. Na ředitelství FBI ale ani tato informace nezapůsobila. Ve snaze získat další informace na podporu své žádosti sdělila kancelář FBI v Minneapolis zjištěné informace 25. srpna protiteroristickému centru při CIA a požádala ho, aby zjistilo, co o Moussaouim vědí pracovníci CIA roztroušení po celém světě. Protiteroristické centrum, na základě informací od kanceláře FBI v Minneapolis, rozeslalo telegram, ve kterém o Moussaouim psalo jako o "útočníku na Boeing 747" a "sebevražedném leteckém útočníkovi". Agenti CIA ale nic nového nezjistili. V CIA se informace o Moussaouim dostala až k jejímu řediteli Tenetovi, zatímco v FBI šéf útvaru radikálního fundamentalismu, podle výpovědí před vyšetřovacími komisemi, pouze varoval svého nadřízeného před neústupnými minneapoliskými agenty, kteří se ale sami jeho nadřízeného kontaktovat nepokusili. Právní oddělení ředitelství FBI usoudilo, že k tomu, aby mohli zvláštní soud o povolení k prohlídce Moussaouiho věcí požádat, by bylo třeba prokázat, že čečenští povstalci jsou ve spojení s Al Kajdou. Když minneapoliská kancelář předložila útvaru radikálního fundamentalismu ředitelství FBI žádost pro zvláštní soudní dvůr o povolení k prohlídce Moussaiho věcí, agent útvaru z ní vyškrtnul argument, který spojoval čečenské povstalce s Al Kajdou. Přitom je naprosto logické určitý typ spojení mezi těmito organizacemi předpokládat. Šéfka právního útvaru ředitelství FBI potom souhlasila, že žádost minneapoliské kanceláře není podložena dostatečnými důkazy, na to aby ji zvláštní soud schválil a žádost nebyla podána. Obě americké komise, které vyšetřovaly události z 11. září ovšem dospěly k závěru, že informace předložené minneapoliskou kanceláří FBI byly i v předložené formě pro zvláštní soud naprosto dostatečné. Minneapoliská kancelář se po tomto rozhodnutí ředitelství FBI dohodla s francouzskými úřady, že Moussaouiho věci prohledají po jeho deportaci do Francie. Ta ale byla naplánována až na 17. září.

4. září 2001, v reakci na informace z Minneapolis, ředitelství FBI rozeslalo CIA, americké správě civilního letectví (FAA), přistěhovaleckému úřadu, ministerstvu zahraničních věcí, celnímu úřadu a tajné službě zprávu, která obsahovala základní fakta o Moussaouiho případu. Informace rozeslaná z ředitelství FBI ale neobsahovala názor minneapoliské kanceláře, že Moussaoui plánoval únos letadla a místo toho obsahovala komentář správy civilního letectví (FAA), že není nic neobvyklého, když se lidé ze Středního východu učí létat. Podotkněme, že FAA dostala mezi dubnem a zářím 2001 od amerických zpravodajských služeb 52 varování před útokem Al Kajdy, z nichž 5 se konkrétně týkalo výcviku členů Al Kajdy k únosům letadel (tato informace byla uvolněna k publikaci až v letošním roce). Zpráva kongresového vyšetřovacího výboru konstatuje, že i FBI měla k dispozici nedávná varování před použitím letadel k teroristickým útokům. Během dohadování o prohlídce Moussaouiho věcí agent z útvaru pro radikální fundamentalismus ředitelství FBI upozornil vedoucí minneapoliské kanceláře, že jejich žádost o povolení k prohlídce Moussaouiho počítače je formulována způsobem, který lidi "vytáčí". Minneapoliská šéfka mu odpověděla, že je tak formulována schválně, protože se snaží "zabránit tomu, aby někdo vzal letadlo a rozbil ho o Světové obchodní centrum". Mezi Moussaiho věcmi byl i dopis od Jásida Sufáta, kterým ho určoval svým marketingovým konsultantem pro USA. Byt Jásida Sufáta byl ale mezitím už spojen s dokonaným teroristickým útokem na americkou válečnou loď Cole. Kdyby byl dopis včas prostudován, došlo by k propojení Moussaouiho s dalšími teroristy pobývajícími v USA (účastníky CIA sledované schůzky v Kuala Lumpuru v bytě Jásida Sufáta), o kterých se FBI až na poslední chvíli (23. srpna 2001) dozvěděla od své analytičky v protiteroristickém centru CIA, kterou na nalezení těchto informací navedl pracovník CIA, přidělený k FBI kvůli lepší spolupráci mezi oběma agenturami. Ten tyto informace sám znal, ale zřejmě jí je nemohl přímo sdělit. CIA o nich věděla už rok a půl a informaci nesdělila žádné jiné americké agentuře ani poté, co zjistila, že tito teroristé pobývající na území USA (jeden z nich s roční přestávkou) se účastnili schůzky, na které byl domlouván útok na americkou válečnou loď Cole. Na pováženou je ovšem i fakt, že oba teroristé bydleli u informátora FBI - jeden měsíc a druhý 6 měsíců, a každé ráno se s ním modlil - tohoto informátora FBI (podle všeho, na žádost americké vlády) odmítla FBI nechat vyslechnout vyšetřovací komisi amerického kongresu. Když se o nich FBI koncem srpna dozvěděla v protiteroristickém centru CIA, podnikla, opět díky zásahu šéfky právního oddělení při ředitelství FBI, jen velmi povrchní opatření k jejich nalezení a tak je nenašla přesto, že měli na svá jména v USA vedené řidičské průkazy, bankovní účty a telefonní čísla. Šéfka právního oddělení FBI rozhodla, že tito teroristé nemohou být hledáni jako podezřelí z trestného činu, přestože byli spojeni s útokem na válečnou loď Cole.

Když po útocích z 11. září 2001 začal ředitel FBI tvrdit, že "neexistovaly náznaky, že by se podobná operace v zemi chystala" snažili se ho agenti z minneapoliské kanceláře před podobnými výroky varovat. Když ale zopakoval stejné tvrzení před vyšetřovacím výborem amerického Kongresu, publikovala 25. května 2002 minneapoliská agentka FBI Coleen Rowleyová v americkém tisku obsáhlou informaci popisující události kolem vyšetřování Zachariase Moussaiho. Koncem května 2002 se dostalo na veřejnost i další varování před studenty létání ze Středního východu, které na ředitelství FBI posílala v srpnu 2001 kancelář FBI z Phoenixu v Arizoně a kterému ředitelství také nevěnovalo pozornost, přestože podle jiné revoltující bývalé zaměstnankyně FBI, dostala FBI už v dubnu 2001 varování, že se v USA chystají teroristické útoky s použitím letadel a že někteří teroristé jsou už v USA (tato informace, podle tvrzení FBI, také nepronikla k jejímu vyššímu vedení).

Zacharias Moussaoui se 22. dubna letošního roku přiznal, že se účastnil konspirace, která vedla k útokům na USA z 11. září 2001 a že ho Usáma Bin Ládin osobně instruoval, aby v jiném termínu narazil letadlem do Bílého domu (toto přiznání není věrohodné, protože útoky z 11. září byly naplánovány tak, aby k nim došlo v rozmezí jedné hodiny a teroristům tedy zřejmě bylo jasné, že později by unesená letadla byla sestřelena) a očekává se, že bude odsouzen k trestu smrti. Předtím měl být odsouzen k trestu smrti za to, že po svém zatčení zatajil před svými vyšetřovateli své znalosti o připravovaných útocích na USA. 10. ledna 2003 byla šéfka právního oddělení ředitelství FBI, která zabránila jak prohledání Moussaiho věcí, tak důkladnému hledání teroristů, kteří se připravovali k únosům letadel, mezi devíti zaměstnanci FBI, kteří dostali odměnu (v tomto případě 15.000 dolarů) za vynikající práci s prezidentskou pochvalou. Podle vyšetřovacího výboru amerického Kongresu podala minneapoliským agentům v případě Moussaouiho "neomluvitelně zmatenou a nepřesnou informaci", která byla "zjevně chybná". Koncem prosince roku 2002 byl povýšen agent FBI, který odstranil z žádosti minneapoliské kanceláře o prohledání Moussaiho věcí argument spojující čečenské povstalce s Al Kajdou. Podle zprávy z New York Times z března 2003 byli povýšeni i dva nejmenovaní šéfové z protiteroristického centra při CIA, které bylo zodpovědné za zatajení pobytu dvou teroristů z Al Kajdy na území USA před FBI a ostatními americkými agenturami až do konce srpna roku 2001. Před loňskými americkými volbami urgoval americký kongres zveřejnění zprávy generálního inspektora ministerstva spravedlnosti o činnosti CIA před 11. zářím 2001, která měla jmenovat lidi zodpovědné mimo jiné právě za toto selhání CIA. Zpráva, která byla dokončena v červnu loňského roku, ale nebyla do dnešního dne kongresu předána. Už v listopadu loňského roku vyjádřil nejmenovaný pracovník amerického kongresu obavu, že bude po volbách zkreslena.

Podle zprávy amerického deníku Washington Post rozhodl 29. dubna letošního roku federální soudce Brinkema, že nesmí být zveřejněna zpráva generálního inspektora ministerstva spravedlnosti o selháních FBI před 11. zářím. O zveřejnění zprávy podal žádost sám generální inspektor, o její utajení pak požádal podezřele nepochopitelně obhájce Zachariase Moussaouiho, který mu byl přidělen ex offo. Když ho Washington Post chtěl požádat o vysvětlení, nepodařilo se mu ho zastihnout. Kanceláři generálního inspektora bylo sděleno, že může požádat o zveřejnění zprávy bez informací o Moussaouiho případu.

Vzhledem k tomu, že teroristické útoky z 11. září umožnily jak omezení americké demokracie, tak útok na Irák (v březnu 2003 byla víc než polovina Američanů - díky kampani v americkém tisku - přesvědčena, že se Irák podílel na útocích z 11. září) měla by i světová veřejnost usilovat o to, aby byla činnost amerických bezpečnostních agentur před 11. zářím 2001 důkladně vyšetřena a závěry vyšetřování byly zveřejněny. Opačný přístup bude znamenat, že se světová veřejnost smiřuje s postupným odklonem USA od demokracie a to může mít v budoucnosti, protože USA jsou nejmocnějším státem světa, snadno negativní důsledky pro demokracii na celém světě.

napsáno podle "Report of the Joint Inquiry into the Terrorist Attacks of September 11, 2001 by the House Permanent Committee on Intelligence and the Senate Select Committee on Intelligence", zprávy "National Commission on Terrorist Attacks Upon the United States" a článků v americkém tisku - články z amerického tisku starší než 14 dní nelze stáhnout bez zakoupení.