Podobně jako Babí léto jsou i Vratné lahve výpovědí o neodvratnosti stáří a o snahách tento neřešitelný -- problém nějak zvládnout. I hlavní hrdina Vratných lahví, učitel češtiny Josef Tkaloun se ve svých pětašedesáti letech octl stejně jako důchodce František Hána v Babím létě v cizím světě, jemuž už příliš nerozumí: na rozdíl od Hány, který si z nového světa dokáže jen dělat legraci, Tkaloun se znovu a znovu -- také, jako ve filmu Babí léto, k frustraci své manželky, snaží do nového světa integrovat. Sice už nesnese učit ve škole, kdy při snaze vykládat literaturu setkává s drzými poznámkami dětí z bohatých rodin (i tento film naznačuje, že bohatý, úspěšný podnikatel je v české společnosti cizím prvkem, a obyčejný člověk se před ním musí nedůstojně hrbit: ředitelka školy vyžaduje, aby se Tkaloun písemně omluvil rodičům fracka, který v jeho hodině vyrušoval, jen proto, že rodiče škole poskytli podstatný finanční dar).

Tkaloun tedy ze školy, v čase, který "už není jeho", odchází, ale nevzdává se. Nejprve se pokusí pracovat v zasněžené Praze jako poslíček na jízdním kole, na zledovatělé strmé vozovce to však skončí karambolem a zlomenou rukou. Pak si najde v supermarketu práci jako zřízenec pro odebírání vratných lahví od zákazníků.

Tkaloun není jen typický český muž blouznivec, který svým vzdorným postojem chce překonat nastupující stáří, ale protože filmy Svěrákových jsou smířlivé, je zároveň zdrojem hřejivosti vůči svým spoluobčanům. Během příběhu se mu podaří dát dohromady tři milostné dvojice, sám má neukojené erotické touhy po dívkách či mladších ženách, a ty mu sublimují do snů, ale když ho pozve bývalá kolegyně a potenciální milenka na erotickou schůzku, splete si skleroticky den a narazí na jejího manžela. Uzná, že pro něj sex už není, obzvlášť když mu jeho bývalý zeť odmítne předepsat viagru, protože má Tkaloun slabé srdce, a tak aspoň funguje jako stmelovatel vztahů pro jiné. Vztah, který vyjedná svému postaršímu spolupracovníku v supermarketu Řezáčovi, končí svatbou, svou vlastní potenciální milenku přenechá jinému sexuálně frustrovanému kolegovi v supermarketu a vlastní dceři, kterou i se synem opustil manžel, protože jako muž sobec šel za "lepším sexem", dohodí svého bývalého kolegu ze školy.

Film tematizuje unavenost dlouholetého manželského vztahu. Manželé Tkalounovi, oba učitelé, si doma jdou na nervy, fyzicky si už nepřipadají atraktivní a Tkalounova manželka dokáže po letech předvídat snad každé slovo, které se manžel chystá říct. Je to typická autoritativní manželka pozdních středních let, která se k muži chová přísně a ironicky a s obavami sleduje jeho pokračující sklerózu.

Vratné lahve však končí smírně. Manželství Tkalounových oživí krátký flirt paní Tkalounové s úředníkem z magistrátu, který jí vyzná lásku. Když to vidí Tkaloun žárlivost v něm probudí obnovený zájem o manželku, takže ji k čtyřicátému výročí svatby pozve na výše zmíněný let balónem, napuštěným horkým vzduchem. Ten neproběhne bez problémů a když se balónový koš zpoloviny potápí ve vodní přehradě, vyjde najevo, že paní Tkalounová tajně kouří, aby zemřela dříve než manžel -- nechce být na světě po jeho smrti, miluje ho.

Let balónem lze interpretovat jako metaforu lidského žití nebo partnerského vztahu: klopýtáme, ale nakonec to vždycky nějak dopadne víceméně dobře, argumentují Svěrákovi. Muži možná mají tajné sexuální choutky a sní o nevěře, ale rozumní z nich dají nakonec přednost dlouholetému vztahu.

Pozitivně končí i jiné dějové linie. Tkalouna ze supermarketu nakonec vyhodí, protože jeho práci převezme automat, takže jeho přátelské styky s kolegy i se zákazníky končí. Jenže u Svěráků nic není tragédií, vždycky existují jiné možnosti. Dosavadní spoluzaměstnanec Řezáč začne provozovat lety balónem, a nezmar Tkaloun se stane průvodčím v historickém parním vlaku. Tam se mu -- jako závěrečný vtípek filmu -- splní jeho opakovaná snová erotická vize -- uzavře se v železničním kupé z mladou dívkou v době, "kdy vlak teď nebude dlouho zastavovat".