Zvlášť sledovanou kategorií směrnic ES jsou směrnice, které se týkají vnitřního trhu. Evropská komise sleduje více než 1600 směrnic. V červencovém hodnocení transpozice těchto směrnic bylo uvedeno, že ČR netransponovala 57 směrnic, čímž její transpoziční deficit dosahoval v této oblasti 3,6 %. Podle zprávy generálního sekretariátu EK uveřejněné ke dni 7. září 2005 činí transpoziční deficit týkající se všech směrnic pouze 1,15 %. I když se nejedná o zcela srovnatelná data, je zde zřetelně patrný pokrok, pokud jde o plnění legislativních závazků vyplývajících z členství ČR v EU, ke kterému došlo za poslední dva měsíce. Většina z potřebných transpozičních opatření se v současné době nachází v některém ze stádií legislativního procesu, takže lze očekávat, že v brzké době dojde i k dalšímu snížení transpozičního deficitu.