Papež napsal ve svém dopise, že ve vědomí veřejnosti představuje inkvizice téměř skandální symbol, ale že je třeba se zeptat do jakého stupně tento symbol souhlasí se skutečností.

V r. 2000 se papež omluvil za hříchy, které římští katolíci spáchali ve jménu své víry včetně přehmatů během inkvizice, systematického útlaku prováděného církevními hodnostáři, aby byly chráněny ortodoxní doktríny.

Katolíci v podezření, že jsou kacíři, čarodějnice a jiní občané "pochybné pevnosti ve víře" včetně muslimů a židů, kteří přestoupili na římsko-katolickou víru, byli předmětem útlaku.

Na vatikánské konferenci byla předložena kniha o 783 stranách, která shrnuje poznatky církevních hodnostářů a badatelů. Vyvrátila pomocí statistiky a jiných údajů velice rozšířené názory o inkvizici. "Mučení a rozsudky smrti nebyly tak časté, jak se obecně věří", prohlásil profesor Agostino Borromeo z římské univerzity Sapienza. Pro některé lidi ale mají taková prohlášení velice omezenou hodnotu. David Rosen z Amerického židovského výboru namítl, že jsou vatikánské výzkumy zajímavé ale nemohou omluvit činnost Inkvizice, která terorizovala tisíce lidí a vyhnala je z jejich domovů.

Profesor Borromeo, který kontroloval obsah knihy před jejím vydáním, sdělil, že sice bylo třeba ve Španělsku asi 125 tisíc soudních jednání, ale badatelé zjistili, že jen asi jedno procento obviněných bylo posláno na smrt. V Portugalsku bylo v 16. a na počátku 17. století popraveno jen 5.7% ze 13 tisíc lidí souzených církevními tribunály (tedy "jen" 741 mužů a žen pouze v Portugalsku). Část poprav se prováděla necírkevními tribunály včetně honů na čarodějnice v protestantských zemích.

Historik Holocaustu, pan Michael Marrus na torontské univerzitě, se domnívá, že vatikánské prosazování získaných údajů odráží názory těch příslušníků církevní hierarchie, kteří nesouhlasí s papežovými omluvami. Pan Marrus ponechal stranou "hru s čísly", jak nazval statistické údaje z činnosti inkvizice, a poznamenal, že je sice nynější papež velkým zastáncem omluv, ale ne všichni členové kúrie, a rozhodně ne všichni příslušníci církevních špiček, s takovými omluvami souhlasí.