Avšak i tento text vyvolal nevoli nejen u Židů, ale i u některých křesťanů, což znovu otevřelo základní problémy vztahů i vůči nekatolíkům. Knoblochová vyslovila rozhořčení, že "zrovna tento německý papež toto učinil, přestože vzhledem k svému stáří se seznámil s diskriminací židovství a jeho vyčleněním ze společnosti. Nedovedla si vůbec představit, že právě tento německý papež vnutí takovou formulaci své církvi". Zřejmě tak narážela na životopis současného papeže, občanským jménem Joseph Ratzinger, rodáka z bavorského Marktlu am Inn. V roce 1941 se stal ze zákona členem Hitlerjugend a dva roky poté byl povolán do armády, kde nejprve sloužil v Luftwaffe a ke konci války v protitankových oddílech. Byl internován krátce, zřejmě vzhledem k tomu, že jeho jednotka se nedostala se Spojenci do boje.

Kritika nepřišla neočekávaně, protože když vloni se rozhodl papež Benedikt XVI. o rozšíření latinské Velkopáteční modlitby, rozhořčil tím na nanejvyšší míru zejména Židy. Stalo se to, když 7. 7. 2007 vydal dekret "Motu proprio", všeobecně povolující slavení mše svaté v podobě misálu Jana XXIII.. Avšak fráze o "věrolomných Židech" byla ze zmíněné liturgie odstraněna tehdejším papežem již v roce 1959, takže antisemitismus, který ji po staletí provázel, nebyl zjevný. Nově upravená verze původního textu znovu však deklarovala jejich "zaslepenost" a vyzývala k modlitbám za konverzi ke katolictví. Nový text zveřejnil oficiální vatikánský list "L"Osservatore Romano", ze kterého kromě slova "zaslepenost", které má podle modlitby Židy zbavit Bůh, z něj byla odstraněna i pasáž nabádající, aby "osvítil" jejich srdce. Jak upozornil Abraham Foxman z americké organizace "Anti Defamation League", předchůdce současného papeže Jan Pavel II. věřil, že Židé jsou staršími bratry katolíků a jejich učení judaismus má své hodnoty. Přitom tradiční Velkopáteční modlitbu v latinském jazyce používá ve světě pouze hrstka věřících a převážná většina z jedné miliardy katolíků dává přednost připomínat si Ježíšovu smrt ve svém rodném jazyce. Dekret Benedikta XVI. však latinský text katolické modlitby rozšířil a Velkopáteční modlitba tak obsahuje Boží pomoc za konverzi Židů a při odstranění "závoje z jejich srdcí a překonání slepoty".

Vedení "International Jewish Commitee for Inter-Religious Consultations" zaslalo do Vatikánu dopis, ve kterém vyslovuje "hluboké znepokojení v židovských kruzích" a žádá vysvětlení tohoto rozhodnutí. Abraham Foxman položil katolické tiskové agentuře otázku, "jak můžeme vést dialog, když druhá strana věří, že jsme slepí a je třeba nás konvertovat". Jak upozorňuje vídeňský "Der Standard", stalo se tak poté, co před rokem a půl papež ve svém projevu v Řezně vyvolal konflikt s muslimským světem, když citoval byzantského císaře Manuela II., že prorok Mohamed přinesl jen "špatnost a nehumánnost". Autorka článku nazvaného "Křižácké papežovo tažení" Alexandra Föderl-Schmidová poukazuje, že Benedikt XVI. "svou misijní snahou škodí katolické církvi". Upozorňuje, že papež, který byl před tím dvacet let prefektem Kongregace pro nauku víry, otevřeně systematicky postupuje ve snaze definovat jiné náboženské směry, a tím upevnit absolutní právo na jejich hodnocení. Po muslimské přišla na řadu církev evangelická.

V červenci minulého roku bylo ve Vatikánu zveřejněno jeho prohlášení "Dominus Iesus" ještě z doby jím řízení Kongregace, ve kterém se konstatuje, že protestanti nejsou v pravém slova smyslu uznáváni jako církev. Souběžně s tím se stále více prohluboval rozpor s Židy, kdy minulé léto povolil farářům znovu zavést mše podle starého latinského ritu. To podle Föderl-Schmidové je návrat k již dávno překonanému antijudaismu, který Druhý vatikánský koncil v letech 1962-65 zavrhnul. Čím déle je Benedikt XVI. v úřadu, tím je jasnější, že chce zastupovat křesťanství jako jediné správné náboženství. Není proto náhodou, že katolická církev se vměšovala do volebního boje v Itálii a Španělsku. Když v květnu minulého roku při návštěvě Brazílie prohlásil, že utrpení indiánských národů při conquistě bylo vyváženo přijetím křesťanství, vyvolalo to protesty. Jeho ostré odmítnutí "teologie osvobození" v El Salvadoru působícího jezuitského pátera Jona Sobrina narazilo u mnohých věřících v Latinské Americe na odpor, protože žádali jeho svatořečení. Těmito formami misijní práce papež Benedikt XVI. dosahuje pravého opaku a škodí ekumenickému dialogu a přivádí katolickou církev před éru Vatikánského koncilu -- uzavírá svou úvahu vídeňský list "Der Standard", jehož podstatnou část odvysílal i německý Deutschlandfunk.

Shromáždění italských rabínů se kvůli zveřejnění nového znění latinské Velkopáteční modlitby za židy vyslovilo pro přestávku v dialogu s katolickou církví. Francouzský kardinál Jean-Pierre Ricard prohlásil, že modlitba by mohla být změněna, pokud by měla působit problémy ve vztahu Římskokatolické církve a Židů. Kardinál Miroslav Vlk na své internetové stránce k tomu poznamenává, že "ve výzvě k modlitbě za židy se žádá, aby Bůh osvítil jejich srdce, aby uznali Ježíše Krista jako Spasitele všech lidí, což je ve shodě s úmysly a touhou velkého žida, Pavla z Tarzu." Shodou okolností se kritické výhrady k papeži vyhrotily několik dnů poté, co německá spolková kancléřka Angela Merkelová, dcera protestantského pastora, jako první šéfka vlády a navíc v německém jazyce vystoupila před poslanci izraelského Knessetu. Svůj projev u příležitosti 60. výročí státu Izrael zahájila hebrejskou větou, že "Německo a Izrael jsou navždy spojeny vzpomínkou na holocaust. V německém jménu provedená masová vražda na šesti milionech Židů způsobila nepředstavitelné utrpení židovskému národu v celé Evropě a světě".

Když v květnu 2006 zakončil Benedikt XVI. svou polskou návštěvu ve vyhlazovacím táboře Osvětimi, pronesl památnou větu "Na místě jako je toto, chybějí slova a v zarážejícím tichu srdce volá k Bohu: Pane, proč jsi mlčel? Proč jsi to dopustil?".