Tento prostý zemědělec a kostelník, otec čtyř dcer, se tak stal oficiálně symbolem rakouského odporu proti zločinům nacistického režimu. Stalo se tak teprve nyní, protože dlouho trvalo uznání jeho vskutku mučednické smrti. Jägerstätter sice aktivně nebojoval v podzemním hnutí, nerozšiřoval žádné protinacistické letáky ani nekladl výbušniny, ale od samého začátku anšlusu Rakouska Hitlerem rozpoznal, že jde o zločinný režim. A to bylo pro většinu ostatních zahanbující. Jägerstätter jako katolík a člověk došel k závěru, že nemůže následovat bezbožný a nelidský režim. Svým odporem proti službě se zbraní ve Wehrmachtu a podílu na "totální válce" si sám podepsal rozsudek smrti a 9. srpna 1943 ve věku 36 let byl jako "rozkladný živel branného odporu" v Brandenburku popraven setnutím hlavy.

Franz Jägerstätter odmítal anšlus Rakouska již od samého počátku a referenda zinscenovaného nacisty se nechtěl vůbec účastnit. Teprve na nátlak své ženy, která se obávala, že její muž skončí v koncentračním táboře, tak sice učinil, ale hlasoval jako jeden z mála proti. Francisca tak pochopila, že v otázce přesvědčení nemůže svého muže ovlivnit a později ve svých dopisech do vězení nikdy nenaznačovala, aby změnil své protinacistické smýšlení.

V létě 1940 byl Jägerstätter poprvé povolán do Wehrmachtu a v rodišti Adolfa Hitlera vzat pod přísahu. Od října téhož roku až do dubna 1941 nebyl však nasazen na frontě a tehdejšímu starostovi v Radegundu se podařilo jej vyreklamovat. Válka se Sovětským svazem byla pro něho nepřípustná a vyvodil z ní, že Hitler chce ovládnout celý svět. O tom napsal: "je velmi smutné, když je slyšet stále od katolíků, že válka, kterou vede Německo, přece není tak nespravedlivá, když bude bolševismus vyhlazen. Pro co však bojujeme v této zemi, proti bolševismu nebo ruskému národu? Přece když bojujeme proti bolševismu, tak věci jako ruda, nafta a dobrá půda nemohou být hlavní otázkou."

Jeho opětné povolání do Wehrmachtu začátkem roku 1943 se stalo pro jeho další život osudné. Z rozsudku, který byl nalezen v roce 1990 v pražském vojenském archivu, vyplývá, že 25. února 1943 byl zařazen rozkazem k jednotce Wehrmachtu do Ennsu, kam však odmítl jako odpůrce nacistického režimu nastoupit. Učinil tak až na nátlak své rodiny 1. března, ale okamžitě oznámil, že kvůli svému náboženskému přesvědčení nemůže sloužit se zbraní v ruce. Byl zatčen a postaven před vojenský soud, kde prohlásil, že by bylo proti jeho náboženskému přesvědčení, kdyby bojoval pro "nacionálně socialistický stát".

Vyslovil však ochotu sloužit beze zbraně jako zdravotník, kde může uplatňovat svou křesťanskou lásku. Při hlavním líčení prohlásil, že v průběhu posledních let došel k přesvědčení, že je pro něho nemožné být současně nacistou a katolíkem. Z počátku byl sice přesvědčen, že by bylo hříchem neuposlechnout rozkazy státu, ale nyní Bůh mu vnukl, že není žádným hříchem odmítnout službu se zbraní. Jsou věci, ve kterých je nutno poslouchat Boha, že nelze proti bližním bojovat.

Soud, který proběhl v Berlíně, nevyhověl jeho žádosti a odsoudil jej k trestu smrti. V ranních hodinách 9. srpna 1943 byl pak Franz Jägerstätter převezen do Brandenburku - Havelu a v poledne mu bylo oznámeno potvrzení absolutního trestu. Odpoledne v 16 hodin mu byla setnuta hlava. Brandenburský farář Jochmann, který s ním před smrtí strávil delší dobu, byl jeho klidem a odevzdaností hluboce dojat. Večer téhož dne prohlásil rakouským řádovým sestrám, že poprvé ve svém životě se setkal se svatým. Podařilo se mu zjistit, kde byla uložena urna Jägerstättera a převezl ji do Rakouska, kde byla ve výroční den popravy v roce 1946 uložena u zdi kostela v Radegundu.

Půl roku před tím, 30. března 1943 byla popravena pro své protinacistické přesvědčení rakouská řádová sestra Maria Restituta, vlastním jménem Helena Kafková. Narodila se v roce 1894 v Brně a byla po rodičích Češka. Od svých dvou let žila ve Vídni, kde nastoupila v tamní nemocnici jako ošetřovatelka. Těsně před první světovou válkou vstoupila do františkánského řádu a stala se vrchní sestrou v mödlinské nemocnici. Situace se pro církev po anšlusu silně zhoršila a stala se cílem nacistického útlaku. Řada jejích představitelů byla pronásledována a v letech 1938 až 1945 bylo celkem 724 duchovních zatčeno, z nichž 20 zemřelo během vazby nebo bylo odsouzeno k trestu smrti.

Dalších 300 bylo vyhoštěno a 15OO bylo zakázáno vykonávat duchovní činnost. Působení církve bylo značně omezeno, náboženské školy uzavřeny a přes 6000 náboženských spolků a nadací bylo zakázáno. Zastaveno bylo i vydávání náboženských novin a časopisů. "Katolický německý říšský vojenský spolek" byl v den anšlusu 13. března 1938 rozpuštěn a jeho předseda major Franz Heckenast zatčen a zavražděn v koncentračním táboře Buchenwald. Do koncentračních táborů byli deportováni Svědci Jehovovi a členové dalších náboženských spolků a sekt. Maria proti nacistickému útlaku bojovala nejprve skrytě, ale postupně její odpor sílil. V roce 194O proti zákazu vyvěsila v nemocnici kříže a od propuštění ji zachránil pouze nedostatek ošetřovatelek. Dva roky poté byla však udána lékařem SS, který našel v koši průklepový papír, z něhož bylo patrné, že rozmnožovala protinacistický text. Byla zatčena přímo na operačním sále a dána do vazby s obviněním z velezrady. Soud ji 29. srpna 1942 odsoudil k trestu smrti a půl roku poté byla popravena. V roce 1998 ji papež Jan Pavel II. prohlásil za blahoslavenou.

K rehabilitaci Franze Jägerstättera však nebylo po válce v Rakousku dobré ovzduší vzhledem k rozporuplnému hodnocení minulosti a vlastní odpovědnosti za válečné zločiny. Téměř čtvrt milionu Rakušanů položilo život v uniformách Wehrmachtu a zbraní SS a dalších 114 tisíc bylo těžce zraněno. Na následky leteckých spojeneckých útoků a válečných operací zahynulo 35 tisíc civilistů a téměř 60 tisíc jich bylo raněno. Zavražděno nacisty bylo 65 tisíc rakouských Židů a dalších 16 tisíc lidí, z nichž polovina byla Romů, přišlo o život v koncentračních táborech. Dalších deset tisíc Rakušanů bylo zatčeno gestapem a z nich dvě třetiny zahynuly ve věznicích. Na 2 700 rakouských odbojářů bylo odsouzeno k trestu smrti.

Spolkový kancléř Franz Vranitzky v roce 1991 byl prvním šéfem vlády, který veřejně odmítl do té doby oficiálně proklamovanou tezi, že Rakousko bylo pouhou první obětí hitlerovského Německa, ale přiznal též spoluúčast na jeho zločinech za druhé světové války. Teprve však před deseti lety byl Jägerstätter rehabilitován, ale německým soudem. Poté tentýž rok byl oficiálně zahájen církevní proces jeho blahořečení a za dalších osm let Vatikán uznal jeho mučednictví. Obětí nacistické vojenské justice v Rakousku bylo na dva tisíce, ale jak prohlásil v rozhovoru v rakouské televizi ORF historik Walter Manoschek, stát při jejich rehabilitaci stále postupuje velmi zvolna.