Americké organizace na obranu lidských práv přivítaly Gonzalesovo jmenování kriticky a poukázaly na to, že ignoroval důležitá ustanovaní mezinárodního práva o lidských právech.

Jamie Fellner, šéf amerického oddělení organizace Human Rights Watch, konstatoval: "Volby neznamenaly, že má prezident Bush volnou ruku jednat jako dosud. Je znepokojující, že první osoba, kterou Bush jmenoval, není známa obranou lidských práv, ale naopak tím, že se aktivně stavěl proti jejich uznání.

Jako právník v Bílém domě byl Gonzales ústřední postavou v debatě v Bushově vládě o tom, jak jednat s vězni v "globální válce proti terorismu" po 11. září. V memorandu prezidentu Bushovi z ledna 2002 Gonzales argumentoval, že má americký prezident právo ignorovat Ženevské konvence. Vyjádřil názor, že Spojené státy jsou "v novém druhu války", v níž nutně potřebují "od zatčených teroristů a jejich stoupenců" rychle získat informace. "Toto nové paradigma znamená, že přísná omezení výslechu vězňů, která vynucují Ženevské konvence, jsou nyní už zastaralá." Gonzales také charakterizoval jako "podivně staromódní" ustanovení Ženevských konvencí, podle nichž mají váleční zajatci dostávat měsíční plat, atletické uniformy a vědecké nástroje.

Kritikové americké vlády poukazují na tom že Gonzalesovo memorandum pro prezidenta Bushe vedlo nakonec k týrání vězňů ve věznici v Abu Ghraib.

Gonzales pochází z Texasu. Jako hlavní právní poradce měl v Texasu povinnost shrnovat případy vězňů, kteří tam čekali na popravu, pro texaského guvernéra, který měl pravomoc rozsudek smrti zrušit. Bush jako texaský guvernér trest smrti nikomu nezrušil a Gonzalesova shrnutí byla kritizována jako příliš ležérní a zaujatá proti odsouzenému vězni.

Podle některých zpráv však nechvalně známé memorandum z roku 2002 o "neplatnosti" Ženevských konvencí nenapsal Gonzales, ale právní poradce Dicka Cheneyho David Addington a Gonzales ho jen podepsal.

Podrobnosti v angličtině ZDE