Na rozdíl od trestního práva hmotného, kdy je možnost použití analogie zákona striktně omezena jen na některé případy ve prospěch pachatele, v trestním řízení tato zásada ve stejném rozsahu neplatí, její použití může být širší. Přesto není možno používat ani zde analogii podle libovolného uvážení orgánu činného v trestním řízení a už vůbec ne na přání jiných subjektů trestního řízení. Analogie naprosto nemá místa tam, kde je právní úprava úplná a jednoznačná.

Nadužívání výkladu a analogie vede k porušení právní normy, což může mít z pohledu ústavního pořádku republiky velmi škodlivé důsledky.

V této souvislosti nás v poslední době zaujalo v médiích široce publikované a různě i v denním tisku následně komentované rozhodnutí Nejvyššího státního zastupitelství o odnětí a přikázání věci v konkrétní, u příslušného okresního státního zastupitelství projednávané trestní věci.

Kritériem rozhodnutí o delegaci, které je nutné pojímat jako rozhodnutí výjimečné, které je zákonným průlomem do čl. 38 odst. 1 LPS (nikdo nesmí být odňat svému zákonnému soudci), jsou podle § 25 TrŘ důležité důvody, jež však nejsou v zákoně nikde pojmově definovány.

... rozdíl mezi bývalou prokuraturou a státním zastupitelstvím (byl v zákoně) definován kromě jiného takto: "... V totalitních státech činnost prokuratury navazuje na obdobné postavení, které prokuratura mívala v absolutistických monarchiích. Toto její postavení je charakterizováno tím, že je jakousi "prodlouženou rukou" mocenského centra, které zasahuje vždy, kdykoli to mocenské centrum potřebuje... Aby mohla prokuratura takto působit, musí být bezprostředně napojena na mocenské centrum, jehož "objednávku" plní. (...) Současně bylo třeba, aby tato prokuratura byla vybudována centralizovaně na principu bezpodmínečné poslušnosti nižších článků (...) Státní zastupitelství nebude pojato jako centralizovaná hierarchická struktura (...) Vedoucí jednotlivých státních zastupitelství budou rozhodovat a odpovídat za činnost toho či onoho zastupitelství jako celku, ale vztah vyššího a nižšího článku již nebude vztahem nadřízenosti a podřízenosti, ale pouze vztahem dohledu, popř. s možností atrahování věci k vyššímu orgánu ... (...) Upouští se od jednotné, centralizované a hierarchicky vybudované struktury dosavadní prokuratury, jakož i od vnitřních vztahů, spočívajících na přísné nadřízenosti, zaměnitelnosti jednotlivých stupňů a řízení z centra. (...) Výslovně je ... vyjádřeno, že to platí i pro nejvyšší články této soustavy. (...) Jednotlivými stupni státního zastupitelství jsou okresní, krajské a vrchní státní zastupitelství, jakož i Nejvyšší státní zastupitelství, které je státním zastupitelstvím, působícím u Nejvyššího soudu. Konkrétní vztahy existují vždy jen mezi nejbližšími články, nikoli hierarchicky v celé soustavě. To znamená, že Nejvyšší státní zastupitelství (kromě své funkce u Nejvyššího soudu) působí jen vůči vrchním zastupitelstvím, nikoli vůči celému systému.

... došlo ke zpřesnění vzájemných vazeb v podobě posléze přijaté nikoli nové zákonné úpravy, ale rozsáhlé novely v dnešní podobě. V ní je na několika místech znovu a znovu zdůrazňována výlučná součinnost a závislost dvou nejblíže činných státních zastupitelství ... a výslovně i to, že pokud působí Nejvyšší státní zastupitelství ke sjednocení postupů v rámci celé soustavy, není oprávněno zasahovat do konkrétních neskončených věcí

Podle našeho názoru lze souhlasit s obecnou tezí, že pokud jsou splněny zákonné předpoklady, je možno v činnosti státního zastupitelství aplikovat ustanovení § 25 TrŘ per analogiam. Z tohoto, ovšem nesprávně vyloženého ustanovení, vychází např. materiál označený jako "Stanovisko Ministerstva spravedlnosti k problematice trestních věcí v rámci soustavy státního zastupitelství podle § 25 trestního řádu" předložené veřejnosti náměstkem ministra Vladimírem Králem, v němž Ministerstvo spravedlnosti podpořilo postup Nejvyššího státního zastupitelství, které podle § 25 TrŘ per analogiam rozhodlo o odnětí a přikázání věci v konkrétní, široce medializované trestní věci obviněného J. Č., nebo odborný článek náměstka nejvyšší státní zástupkyně Zdeňka Koudelky, z něhož lze dovodit, že jeho autor postup Nejvyššího státního zastupitelství v této věci obhajuje rovněž.

Jak dále vyložíme, podle našeho názoru obě tato stanoviska jsou nesprávná a narušují dosavadní teorii a praxi odnětí a přikázání věci v působnosti státního zastupitelství, aniž by současně přicházela s argumentací, která by je k takovému kroku opravňovala.

Pokud tedy Nejvyšší státní zastupitelství na návrh obhájce obviněného rozhodlo o vydání usnesení ..., kterým ...per analogiam odňalo věc Okresnímu státnímu zastupitelství v Přerově a přikázalo ji Okresnímu státnímu zastupitelství v Jihlavě, nelze než takový postup označit nejen za spektakulární, protože tak učinilo ve zcela diametrálním rozporu s popsaným postupem Nejvyššího státního zastupitelství ve všech věcech uvedených výše, a to nejen co do důvodů delegace, či z hlediska subjektu, který podal Nejvyššímu státnímu zastupitelství, jako nejblíže společnému nadřízenému státnímu zastupitelství, návrh na odnětí a přikázání věci, ale i ohledně toho, že oproti dosavadní rozhodovací praxi věc nebyla delegována z obvodu působnosti jednoho vrchního státního zastupitelství do obvodu působnosti druhého vrchního státního zastupitelství, nýbrž byla přikázána k dalšímu provádění úkonů v trestním řízení okresnímu státnímu zastupitelství činnému ve stejném obvodu vrchního státního zastupitelství, kde působí okresní státní zastupitelství, kterému byla věc odňata, ale především i za protizákonný.