Guevara osobně dohlížel na stavbu kubánských koncentračních táborů, kam byli za trest posíláni a kde byli eliminováni ti, kteří nesouhlasili s novým režimem. Velel prvním popravčím četám kubánské revoluce.

Na základě zkušenosti shrnul svou vražednou představu spravedlnosti ve svém "Poselství Trikontinentále": "nenávist jako prvek boje, soustředěná nenávist pro nepřítele, která donucuje lidskou bytost, aby překonala své přirozené zábrany a proměnila ho v účinný, násilný, selektivní a chladnokrevný vražedný nástroj".

V roce 1957, jak se uvádí v jeho deníku ze Sierry Maestra, Guevara zastřelil Eutimio Guerru, protože ho podezříval, že předává informace. "Skoncoval jsem s problémem pistolí kalibru .32, do pravé strany jeho mozku. Jeho majetek byl teď můj."

Později zastřelil Artistidia, venkovana, který vyjádřil touhou odejít, až povstalci potáhnou dál. Uvažoval sice nad tím, zda tato jeho oběť "byla opravdu vinná natolik, aby si zasloužila smrt", bez okolků zavraždil Echevarríu, bratra jednoho ze svých soudruhů, za blíže nespecifikované zločiny: "Musel zaplatit tu cenu."

V roce 1958, poté, co dobyl města Sancti Spiritus, Guevara, se neúspěšně pokusil zavést svého druhu zákon šaria, snažil se omezovat vztahy mezi muži a ženami, zakazoval pití alkoholických nápojů a hazardní hry. Zabíjel lidi, odebíral jim majetek a snažil se zrušit jejich svobodnou vůli.

Těsně po pádu Batistova režimu jmenoval Castro Guevaru správcem vězení La Cabaña. Guevara stál v první polovině roku 1959 v čele snad nejtemnějšího období kubánské revoluce. Popravovalo se od pondělí do pátku, ve dne v noci, pouhých několik minut po vynesení rozsudku. Guevara vylezl na zeď, ležel na zádech, kouřil doutníky a díval se na popravy.

Zavedl systém "procesů", které trvaly jen několik hodin, sám byl jediným soudcem. Většinou končily tak, že státní úředníci Batistova režimu byli postaveni ke zdi a zastřeleni. "Ano, je to diktatura," ospravedlňoval se Che francouzskému tisku. "Je zločinecké myslet na potřeby jednotlivce."

"Popravy?" řekl Guevara v roce 1964 na Valném shromáždění OSN. "Popravujeme! A budeme dál popravovat, pokud to bude nutné."

Guevarova posedlost kolektivistickou kontrolou nad vším ho vedla k spolupráci na vytvoření bezpečnostního aparátu, který zotročil šest a půl milionu Kubánců.

"Nespolehliví" občané byli naloženi do autobusů a na náklaďáky a dopraveni pod ozbrojeným dozorem do koncentračních táborů, kde pracovali 19 hodin denně, a byli pravidelně znásilňováni, biti a zohavováni.

Málokdy se konaly nějaké procesy. "Provedl jsem stručné vyšetřování a pak byl venkovan popraven," napsal Guevara o jedné vraždě. "Není možné tolerovat ani podezření ze zrady." Říkával soudcům: "Neprotahujte ten proces. Tohle je revoluce. Nepoužívejte buržoazních právních metod, důkazy jsou vedlejší. Musíme jednat na základě přesvědčení."

Je tohle portrét hrdiny?